Koidula raudteepiirijaama põhiülesandeks on Venemaaga peetava kaubavahetuse korraldamine (selleks otstarbeks on jaamas näiteks röntgen, mis valgustab jooksvalt läbi kõigi kaubarongide sisemuse).
Koidula jaamas asub 10 rööpapaari ja 38 pööret. Ehitusel paigaldati kokku 25,6 km rööpaid. Raudteejaam suudab vastu võtta kuni 40 rongipaari ööpäevas. Lisaks jaamahoonele asub Koidula raudteepiirijaamas ka maksu- ja tolliameti kaubaladu, depoohoone, vedurite pöördsild, ning mitmed kauba käitlemiseks mõeldud abiehitised.