Nerise jõe alguse võib leida Valgevenest, kus jõe nimi on Vilija. Neris on Leedus suuruselt teine jõgi. See voolab läbi kahe suurema Leedu linna Vilniuse ja Kaunase ning käändub ümber muistse Leedu keskaegse pealinna Kernavė. Kaunase lähedal suubub see Nemunase jõkke. Mõlema jõe ühinemiskoht on olnud strateegiliselt oluline punkt, seetõttu rajati sellele kohale Kaunase loss ja selle lähedal asub Kaunase vanalinn. Arvatakse, et jõe nimi on seotud leedukeelse sõnaga nerti , mis tähendab sukelduma.