Каунас отличается уникальным географическим положением, так как располагается в месте слияния двух крупных рек – Немана и Нярис. Нярис берёт начало в Беларуси, где её называют Вилия. Это вторая по длине река в Литве, протекающая через два крупнейших города страны – Вильнюс и Каунас, и огибающая по кругу средневековую столицу Литвы – Кярнаве. Возле Каунаса река впадает в Неман. Место слияния двух упомянутых рек всегда считалось стратегически важной точкой, поэтому некогда здесь был построен Каунасский замок, а рядом расположилась старая часть города.  Как предполагается, название реки Невежис связано со словом литовского языка nerti (рус. нырять).